在城市綠地的維護管理中，變廢物為營養，如返還枝葉、返還地表水補充地下水等就是最直接的生態設計應用。自然的自組織和能動性。自然是具有自組織或自我設計能力的。熱力學第二定律顯示，一個系統當向外界開放，吸收能量、物質和信息時，就會不斷進化，從低級走向高級。進化論的倡導者托馬斯亨利赫胥黎就曾描述過，一個花園當無人照料時，便會有當地的雜草侵入，最終將人工栽培的園藝花卉淘汰。
蓋亞理論顯示，整個地球都是在一種自然的、自我的設計中生存和延續的。一池水塘，如果不是人工將其用水泥護襯或以化學物質維護，便會在水中或水邊生長出各種水藻、雜草和昆蟲，并最終演化為一個物種豐富的水生生物群落。自然系統的豐富性和復雜性遠遠超出人為的設計能力。與其如此，不如開啟自然的自組織或自我設計過程。自然的自設計能力，導致了一個新的領域出現，即生態工程化由傳統工程是用新的結構和過程來取代自然，而生態工程則是用自然的結構和過程來設計的。
自然系統的這種自設計能力在水污染治理、廢棄地的恢復（包括礦山、采石坑、采伐跡地等〕，以及城市中地方性生物群落的建立等方面都有廣泛的應用前景。例如，景觀設計師邁克爾范瓦肯伯格設計的通用米氏公司總部（位于明尼蘇達州，明尼阿波利斯市）的項目中，設計師擬自然播撒草原種子，創造適宜于當地景觀基質和氣候條件的人工地被群落，每年草枯葉黃之際，引火燃燒，次年再萌新綠。整個過程，包括火的運用，都借助了自然的生態過程和自然系統的自組織能力。在廢棄礦山的恢復中，除了常規的用植被來進行生態系統的恢復外，還可以利用地貌過程來開啟自然恢復過程。
自然是具有能動性的。園林景觀設計公司認為，從古到今的治水經驗告訴我們對待洪水這樣的自然力，需要因勢利導而不是絕對的控制，古代的李冰父子在都江堰水利工程設計方面的成功之處，也在于充分認識自然的能動性，用竹籠、馬槎、卵石與神為約，造就了川西平原的豐饒。大自然的自我愈合能力和自凈能力，維持了大地上的山清水秀。濕地對污水的凈化能力目前己廣泛應用于污水處理系統之中。生態設計就是在表示充分利用自然系統的能動作用。
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